Οι πιο συχνοί όγκοι της βάσης του κρανίου είναι τα μηνιγγιώματα και τα ακουστικά νευρινώματα. Η δυσπρόσιτη θέση τους συχνά τους καθιστά δύσκολα εξαιρέσιμους, για αυτό και η εξειδικευμένη αντιμετώπισή τους είναι απαραίτητη.
Ο συνδυασμός της μικροχειρουργικής και της ενδοσκοπικής χειρουργικής καθιστά πλέον δυνατή την αφαίρεση τους με ελάχιστα τραυματικούς τρόπους και μερικές φορές χωρίς την παραμικρή διάνοιξη του κρανίου (ενδορινική ενδοσκοπική διασφηνοειδική προσπέλαση).
Σε συγκεκριμένες κατηγορίες και μικρού μεγέθους όγκους μπορεί να εφαρμοστεί και η στερεοτακτική ακτινοχειρουργική (γ- ή Cyber-knife).